保靖建县始于汉高祖五年(前202)，时称迁陵县，县治设今龙溪乡乳香岩(四方城)，属武陵郡。新王莽始建国元年(9)改为迁陆县。东汉复为迁陵县。三国、两晋因之。南朝齐改为零陵县，梁时复为迁陵县。祯明三年(589)，并入大乡县，隋朝因之。唐贞观九年(635)，析大乡县部分地置三亭县，县治设堡子街(今迁陵镇后街坡)，先属辰州，后属溪州。唐武后天授二年(691)，改为洛浦县，先属溪州，后属锦州。唐玄宗先天二年(713)，又复三亭县，属溪州。五代后粱开平元年改为保静州，宋建隆元年(960)改为羁縻保静州，属荆湖北路。元初改保靖州，属新添葛蛮安抚司。元至正二十六年(1366)，置保靖州军民安抚司。明洪武元年(1368)改为宣慰司。洪武六年，升为保靖州军民宣慰使司，属湖广布政使司，后改属湖广都司，领五寨、竿子坪2长官司(今凤凰地)。清雍正五年(1727)，设同知。雍正七年(1729)，建立保靖县，治迁陵镇，隶永顺府。民国时期，先属辰沅道，后属第八行政督察区。 

1949年11月7日，全县解放，属湘西行署永顺专区。1952年8月改属湘西苗族自治区；1955年3月，属湘西苗族自治州；1957年9月属湘西土家族苗族自治州。至1995年辖5镇20乡、10个居委会，366个村，1.609个村民小组。5镇即迁陵镇、复兴、葫芦、毛沟、水田河。20乡即梅花、阳朝、水银、涂乍、仙仁、大妥、龙溪、普戎、昂洞、中心、堂朗、夯沙、比耳、黄连、马五、拔茅、隆头、簸箕、清水、野竹坪。县治设迁陵镇。2005年行政区划调整后，辖9镇7乡，7个居委会，395个村。9镇即迁陵、复兴、葫芦、毛沟、水田河、普戎、清水坪、野竹坪、碗米坡。7乡即阳朝、水银、涂乍、大妥、夯沙、比耳、清水。 

保靖县是国家扶贫重点县，1949年前，经济发展缓慢，1949年以后，各业兴旺，面貌不断改变。但由于自然条件制约，现仍然比较落后，从1984年起是国家扶贫县之一。现在有蒙古族、回族、藏族、维吾尔族、苗族、彝族、壮族、布依族、朝鲜族、满族、侗族、瑶族、白族、土家族、哈尼族、傣族、黎族、畲族、高山族、水族、纳西族、土族、撒拉族、仡佬族、锡伯族、阿昌族、羌族、塔吉克族、京族等民族分布。